Nghiên cứu in silico khả năng ức chế vi khuẩn hô hấp (Streptococcus pneumoniae) của một số acid béo và dẫn xuất ester

Tóm tắt

Một số acid béo và dẫn xuất ester, gồm myristic acid (C1), palmitic acid (C2), pentadecanoic acid (C3), linoleic acid (C4), ethyl palmitate (C5), methyl linoleate (C6) và ethyl linoleate (C7), được chọn cho nghiên cứu tính toán in silico về ức chế vi khuẩn hô hấp (Streptococcus pneumoniae). Các phương pháp tính và mô phỏng được sử dụng để đánh giá tiềm năng ức chế của các hợp chất nghiên cứu với protein Q8DQF8. Quá trình mô phỏng docking phân tử đã xác định được các vị trí 1, 2 và 3 là vị trí tối ưu cho quá trình docking phân tử khi nghiên cứu tương tác giữa ligand (C1–C7) và protein Q8DQF8 thông qua năng lượng ức chế DS (kcal.mol^–1), chỉ số RMSD, số liên kết chính và tương tác van der Waals. Kết quả cho thấy rằng các hợp chất C1–C7 có khả năng ức chế protein Q8DQF8 theo thứ tự sau: C6 (–11,3 kcal.mol^–1) > C3 (–10,9 kcal.mol^–1) > C5 (–10,7 kcal.mol^–1) > C4 (–9,4 kcal.mol^–1) > C2 (–9,0 kcal.mol^–1 > C1 (–8,7 kcal.mol^–1) > C7 (–8,6 kcal.mol^–1). Kết quả mô phỏng động lực học phân tử của các hợp chất có năng lượng ức chế tốt (C3, C5 và C6) với protein Q8DQF8 cho thấy các phức hợp đều khá ổn định và tương tác tốt với protein Q8DQF8, trong đó hợp chất C3 có khả năng tương tác tốt nhất. Kết quả nghiên cứu in silico định hướng cho thực nghiệm để phát triển các phương pháp mới hỗ trợ điều trị bệnh về đường hô hấp.